据《上海名街志》记载，地理意义上的十六铺始于北宋天圣元年（1023年）。当时，吴凇江下游有一条支流名上海浦（即今十六铺处），岸边逐渐形成聚落，渔民、盐民、农民等常在此处交换商品，饮酒聚会。

    而地名学上“十六铺”的首现，是清朝的咸丰、同治年间。为了防 御太平军进攻，地方官员搞起了团练组织———将上海县城厢内外的商号建立了一种联保联防的“铺”。由铺负责铺内治安，公事由铺内各商号共同承担。

    计划是划分为27个铺，但因种种原因实际上只划分了16个铺（从头铺到十六铺）。“十六铺”是16个铺中区域最大的：包括了上海县城大东门外，西至城濠，东至黄浦江，北至小东门大街与法租界接壤，南至万裕码头街及王家码头街的广大面积。

    1909年，上海县实行地方自治，各铺即被取消名称随之消失。由于十六铺地处上海港最热闹的黄浦江边，国内客、货运航线集中于此，码头林立，客流量极大，来往旅客和上海居民口耳相传将这里称作“十六铺”，该名称也因而顽强得存用至今。

    清乾隆后，海禁开放。由于受制于当时的船舶制造技术（北洋航线上的船舶不能在南洋航线上航行，反之亦然），上海港成为当时南、北货轮必然停泊之处，再加上长江航线、远洋航线、内河航线，各种船舶齐集于今十六铺地区。

    事实上，十六铺码头从来就不是“一个”码头，而是各个历史时期十六铺地区范围内很多码头的不规范总称。