“海峡交流基金会”于1990年11月21日成立，1991年3月9日举行开幕式，正式挂牌运行。该会分设由43人组成的董事会和由6人组成的监事会；“总统府资政”孙运璇为名誉董事长；国民党中常委、台湾工商协进会会长辜振甫任董事长；国民党中常委、台湾工业总会理事长许胜发和台湾红十字会秘书长，“国防部”
法律顾问陈长文为副董事长兼秘书长，该会内设秘书处，文化服务处、经贸服务处、旅行服务处及综合服务处等6个业务单位，主要功能是接受“陆委会”委托，办理两岸交流所衍生的各项事务。
财团法人海峡交流基金会捐助暨组织章程
【第一章 总则】
第一条 本财团法人定名为「财团法人海峡交流基金会」（以下简称本会）。
第二条 本会以协调处理台湾地区与大陆地区人民往来有关事务，并谋保障两地区人民权益为宗旨，不以营利为目的。但提供服务时，得酌情收服务费用。
第三条 本会为达成前条所定之宗旨，办理及接受政府委托办理下列业务：
一、台湾地区与大陆地区人民入出境案件之收件、核转及有关证件之签发补发等事宜。
二、大陆地区文书之验证、身分关系之证明、协助诉讼文书之送达及两地人犯之遣返等事宜。
三、大陆地区经贸信息之搜集、发布；间接贸易、投资及其争议之协调处理等事宜。
四、两地区人民有关文化交流之事宜。
五、协助保障台湾地区人民在大陆地区停留期间之合法权益。
六、两地区人民往来有关咨询服务事宜。
七、政府委托办理之其它事项。
第四条 本会之主事务所设于台北市，并得视业务需要，在海外及大陆地区设置分事务所。
第五条 本会基金来源，由捐助人五十三人共捐肋新台币陆亿柒仟万元成立之。本会经费之来源如下：
一、基金运用之孳息。
二、委托收益。
三、政府或民间捐赠。
四、依本章程第二条但书所收取之费用。
【第二章 组织】
第六条 本会设董事会，为本会之决策机构，掌理基金之筹募、保管及运用，秘书长之任免，工作方针之核定，业务计划及预算之审议等事宜。
第七条 本会董事会置董事四十三人。第一届董事由捐肋人选聘之。
本会董事长一人，综理会务，对外代表本会。副董事长一至三人，襄助董事长处理会务。均由董事互选之。
本会名誉董事长一人，由董事会敦聘德高望重之人士担任。名誉董事长、董事长、副董事长及董事，均为无给职，但得酌支交通费。
第八条 董事任期三年，连选得连任。
董事长、副董事长、董事在任期内，遇有辞职或其它原因出缺时，得由本届董事会补选之。其任期以补足原任期为限。
第九条 每届董事会于任期届满前一个月，推选次届董事人选。新任董事会于上届任满之日成立，并依第七条第二项规定选举董事长及副董事长。
第十条 董事会每三个月召开会议一次，由董事长召集并为主席。董事长因故缺席，由副董事长代理之。董事长、副董事长均缺席时，由董事互推一人代,理之。董事长认为必要或经董事三分之一以上提议，得召开临时董事会。
第十一条 董事会之决议，须经二分之一以上董事出席，并以出席董事过半数同意行之。
第十二条 董事因故不能出席前条所定之会议时，得委托其它董事代行职务。但每一董事以受一人委托为限。
第十三条 本会置秘书长一人，由董事长提名，经董事会同意聘任之；解任时亦同。秘书长承董事会之命，综理本会事务。
第十四条 本会置副秘书长一至三人，主任秘书一人，由秘书长提请董事长同意聘任之；解任时亦同。
第十五条 本会设左列各处，办理第三条所定业务：
一、秘书处
二、文化服务处
三、经贸服务处
四、法律服务处
五、旅行服务处
六、综合服务处
各处置处长一人，视业务繁简，得置副处长一至二人，专员、组员、办事员、雇员若干人，并得于处下分科办事。本会视需要得设人事室及会计室。
本会海外及大陆地区设立之分事务所各置主任一人，视业务綮简，得置副主任一至二人，其它人员配置得比照前项办理之。
第二项及第三项所定工作人员，由秘书长提请董事长聘任之。其职掌及人员分配，另以职掌表及编制表定之。
第十六条 本会置监事陆人，由捐肋人选聘之，掌理基金、存款之稽核，财务状况之监督及决算表册之查核等事宜。
第十七条 监事之任期、缺任、给与及次届监事之产生等，均准用本章程有关董事之规定。
第十八条 本会得因业务需要，由秘书长提请董事长同意聘任顾问若干人。
第十九条 （删除）。
【第三章 基金之管理】
第二十条 本会之会计年度，与政府之会计年度同。
第二十一条 本会秘书长应于会计年度开始前三个月拟定业务计画及预算，提报董事会审议通过后执行。
第二十二条 本会基金之保管及运用，应于会计年度结束后二个月内编制基金保管及运用报告、暨全年度决算，提报董事会通过后，送请监事核备。
第二十三条 本会年度经办业务及基金收支平衡表，均应依法向主管机关报备。
【第四章 附则】
第二十四条 本会因情势变更，致不能达捐肋目的时，得依法报经主管机关许可后，解散之。本会解散后，应依法办理清算。其剩余财产，归属国库。
第二十五条 本章程未规定事宜，依有关法令规定办理之。本章程于一九九零年十一月廿一日经董事会通过订定，于报请主管机关核备后施行。
